本方向现有教学和科研及辅助人员30人，其中教授8人，副教授9人，博士生导师6人，硕士生导师17人。主要研究内容包括：（1）园艺作物优异种质资源收集、保存、鉴定和评价；（2）园艺作物分子标记技术研究；（3）园艺作物功能基因组学研究，研究茶树、柑橘、葡萄等作物基因组的结构和功能，对一些重要的抗逆（抗旱、抗寒、抗病虫等）基因进行定位克隆和功能验证；（4）园艺作物转基因技术研究。
本方向以种质资源开发利用为基础，突出分子辅助育种技术和功能基因组学研究两条主要技术路线，其研究主要以园艺作物产业中存在的主要问题作为目标，应用分子育种技术克服常规育种的弊端，为产业的持续稳定发展不断提供新基因、新种质、新品种和新技术。研究内容坚持基础研究与应用研究相结合，基础研究主要在功能基因的鉴定和表达调控，应用研究则立足于品种改良的转基因研究和直接为产业服务的病毒鉴定和脱毒。本方向还积极开展国际合作，与欧洲的西班牙、意大利、荷兰，美洲的加拿大、美国，亚洲的韩国、日本等国的有关研究机构建立了密切的合作关系。